Юрий Мильнер родился 11 ноября 1961 года, вторым ребёнком в еврейской семье известного учёного-экономиста Бенциона (Бориса) Захаровича Мильнера (род. 1929). Мать, Бетти Иосифовна Мильнер (род. 1930), работала в санитарно-эпидемиологической лаборатории.[6]
В 1985 году окончил физический факультет[7] МГУ по специальности «теоретическая физика»[4][5]. После окончания университета работал в Физическом Институте Академии Наук, в отделе теоретической физики будущего нобелевского лауреата Виталия Гинзбурга[8].
Начал бизнес с торговли компьютерами[8].
В 1990 году уехал в Америку, где поступил в Уортонскую школу бизнеса (Wharton[9]), США[4][5]. Пресса цитировала его слова о том, что к этому шагу его побудило «разочарование в себе как в физике»[3].
В 1992—1995 годах Мильнер работал во Всемирном банке, где являлся экспертом по российской банковской системе в отделе развития частного сектора[4][3].
Весной 1995 года Мильнер занял пост генерального директора компании «Альянс-Менатеп»[3][4] (инвестиционно-брокерская компания в группе Михаила Ходорковского[8]).
С декабря 1996 года работает вице-президентом и начальником инвестиционного управления банка МЕНАТЕП[5].
В феврале 1997 года Мильнер стал заместителем председателя правления и начальником инвестиционного управления банка «Менатеп»[4]. В то время участники рынка уже отзывались о нем как об «известном профессионале, который принесет с собой в банк ценный опыт работы в международных финансовых институтах и операций на российском инвестиционном рынке».
В 1997—2000 годах — генеральный директор инвестиционного фонда New Trinity Investments[5].
В 1998 году Мильнер вновь занял пост гендиректора ЗАО «Альянс-Менатеп»[4]. В том же году[4] он стал генеральным директором инвестиционного фонда New Trinity Investments (по другим данным, этот пост он занял в 1997 году).
В этот период, после прочтения обзора аналитика Morgan Stanley Мэри Микера о состоянии и перспективах бизнеса в интернете[8], Мильнер пришёл к идее создания интернет-компании. За инвестициями он обратился к своему старому знакомому по «Менатепу» Григорию Фингеру, руководившему в тот момент российским отделением американского инвестиционного фонда New Century Holding (NCH)[8]. Фонд согласился проинвестировать 4,5 млн долларов США, но с условием, что Мильнер и Фингер вложат по 750 тыс. долларов США из личных средств. В 1999 году Мильнер, Фингер и NCH создали компанию NetBridge[8]. В 2000 году Мильнер стал президентом ООО «Нетбридж Сервисиз» (netBridge)[4] — компании, которая была, по словам самого Мильнера, «создана… как интернет-инкубатор и инвестиционный фонд» и менее чем за год работы стала одним из лидеров рынка (по другим данным, компанию он возглавил в 1999 году). Используя принцип переноса различных американских интернет-моделей на российскую почву, компания создала ряд проектов, таких как портал List.ru, интернет-аукцион Molotok.ru (созданный по аналогии с eBay), бесплатный web-хостинг Boom.ru (аналог GeoCities) и интернет-магазин 24х7 (наподобие Amazon.com).
В феврале 2001 года компании netBridge и Port.ru, Евгения Голанда и партнёров[8], владевшая активами портала Mail.ru, сообщили о своем объединении[4][5]. Мильнер стал генеральным директором новой компании Mail.ru (юридическое название — Port.ru — было сохранено)[4].
В январе 2003 года Мильнер назначен генеральным директором, председателем правления ООО «Управляющая компания „Концерн Нефтяной“»[4][5] (принадлежащего Игорю Линшицу). Отмечалось, что на тот момент «Концерн Нефтяной» являлся совладельцем компаний «ЛУКОЙЛ-Нефтехим», «Шестой телеканал», «Атомэнергосбыт» и Mail.ru. По данным на октябрь 2003 года, Мильнер являлся и членом совета директоров «Атомэнергосбыта»[4]. При этом еженедельник SmartMoney позднее, в 2007 году, рассказывая об истории активов Мильнера, писал, что и сам концерн «Нефтяной» возник «…почти незаметно среди акционеров Mail.ru».
В мае 2003 года Мильнер был избран в состав совета директоров телеканала ТВС[5]. Тогда же фигурировал как президент Национальной почтовой службы «Mail.ru»[4][5].
В 2005 году NCH вышел из российских интернет-проектов[8], а Мильнер основал Инвестиционный фонд Digital Sky Technologies (DST)[5].
В 2006 году Мильнер становится председателем правления Digital Sky Technologies[4].
В 2008 году, через общих знакомых познакомился с Алишером Усмановым, который уже в августе стал акционером DST[10].
В январе 2009 года в Пало-Альто познакомился с Марком Цукербергом[8]. 26 мая 2009 года было подписано соглашение, по которому DST за 200 млн долларов США купила 1,96 % акций Facebook[8].
В 2009 году Мильнер вошёл в комиссию по модернизации, основанную президентом России Дмитрием Медведевым[11].
16 сентября 2010 года инвесткомпания Digital Sky Technologies (DST) сменила название на «Mail.ru Group»[12][13]. Под управление компании перешли: Mail.ru, Одноклассники, ICQ, миноритарный пакет соцсети «В контакте», ОСМП, e-port, а также некоторые другие российские активы[13]. Международные активы — доли в соцсети Facebook (10 %), производителе игр для соцсетей Zynga и скидочном сервисе Groupon были переведены в компанию DST Global[13]. Юрий Мильнер является основателем DST Global[4] и председателем совета директоров Mail.ru Group.
В ноябре 2010 года Mail.ru Group провела IPO на Лондонской фондовой бирже.
В 2010 году был признан Ведомости «Бизнесменом года»[14].
29 января 2011 года, Мильнер объявил о том, что он инвестирует 150 000 долларов США в каждый из стартапов-участников программы инкубатора Y Combinator[15].
14 марта 2012 года Основатель Mail.ru Group Юрий Мильнер ушел с поста совета директоров этой компании, следует из официального сообщения группы, опубликованного на сайте Лондонской фондовой биржи. Его место в совете занял нынешний гендиректор Mail.ru Group Дмитрий Гришин. «Вместе с Mail.Ru мы прошли большой путь начиная с момента создания компании и до успешного IPO в ноябре 2010 г., — говорится в заявлении Мильнера. — В последнее время, занимая пост председателя совета директоров, я наблюдал, как команда во главе с Дмитрием Гришиным, с которым мы вместе создавали компанию и проработали бок о бок более 10 лет, последовательно совершенствовала продукты и сервисы, а также неизменно показывала устойчивый рост операционных и финансовых показателей. Я уверен, что сейчас команда Mail.Ru обладает отличным потенциалом, чтобы развить достигнутый успех под руководством Дмитрия». Окончательный уход Мильнера из Mail.ru Group связан с его желанием полностью сфокусироваться на зарубежных проектах, говорит источник в крупной интернет-компании[16].
В начале августа 2012 года объявил о создании премии для учёных в области физики. Премия называется «The Fundamental Physics Prize» (оригинальное название на английском языке переводится как «Премия по фундаментальной физике») и на момент учреждения составляет 3 миллиона долларов США — главный приз, а также остальные призы. Таким образом, учреждённая премия является самой крупной научной премией в истории, более чем в 2,5 раза превосходя Нобелевскую премию по физике[17].
